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西南大学考研834:氨基酸要点 第三章:氨基酸 考点一:蛋白质的水解 判断题:蛋白质的酸、碱水解不能完全得到20种蛋白质。有些蛋白质会被水解破坏,需要掌握这一点。 考点二:a-氨基酸的一般结构 判断题:除甘氨酸外,其他氨基酸都有手性碳和旋光性;除脯氨酸外,其他氨基酸都是a-氨基酸,且都是L型。 考点三:氨基酸的分类 组成蛋白质的20种常见氨基酸: 三字母符号必须记住,虽然不会直接考察,但题目中出现的氨基酸都是三字母符号形式。 酸性氨基酸(带负电)、碱性氨基酸(带正电)的类型。 芳香族氨基酸的类型及其最大吸收波长。 含羟基、含硫氨基酸的类型。 生酮、生糖氨基酸的类型。 必需氨基酸的类型,成人有8种,婴儿有9种。 不参与转氨基酸的氨基酸类型。 提供一碳单位的氨基酸类型。 含氮最多的氨基酸、部分正电的氨基酸类型。 某些氨基酸是活性物质前体。 不常见氨基酸: 羟脯氨酸、羟赖氨酸是组成蛋白质的不常见氨基酸。 非蛋白质氨基酸: 瓜氨酸、鸟氨酸不组成蛋白质。 考点四:氨基酸的酸碱化学 名词解释:氨基酸、蛋白质的等电点。 填空题:中性、碱性、酸性氨基酸的等电点计算;判断pH大于pI时,氨基酸带负电,向正极移动;pH等于pI时,不带电,不移动;pH小于pI时,带正电,向负极移动。
磺基水杨酸法:测蛋白秘诀 磺基水杨酸法(SSA),也被称为磺柳酸法,是一种测定蛋白质浓度的经典方法。蛋白质在酸性环境中带正电荷,而磺基水杨酸根带负电。在略低于蛋白质等电点的酸性环境下,磺基水杨酸根离子与蛋白质氨基酸阳离子结合,形成不溶性蛋白盐而沉淀,判定为阳性。沉淀的量或者溶液反应后的浑浊程度,可以反映蛋白质的含量,是尿液蛋白质的定性或者半定量检查方法。 优点: 反应灵敏、操作简便、结果显示快 能够与多种蛋白质(如白蛋白、糖蛋白、球蛋白和本周蛋白等)发生反应 特别适合基层检验科尿液蛋白的复检方法 렧 准确性较低 高剂量的青霉素、高浓度尿酸或尿酸盐可能会使结果产生假阳性 样本蛋白浓度过高或过低对测定结果均有影响 步骤: 使用比浊计或分光光度计测量样品的浊度 根据标准曲线计算蛋白质浓度 젦覝妣测微量人体蛋白,如尿液、脑脊液等是否有蛋白渗漏。该方法的敏感度达到50mg/L,因而有一定的假阳性。
쨛白质等电点测定实验揭秘 즎⧴⨛白质的神秘世界,从等电点测定开始!在这个实验中,我们将一探究竟,了解蛋白质在特定pH值下的溶解状态。 验原理很简单:蛋白质在等电点时,溶解度最小,最易生成沉淀。通过调节溶液的pH值,我们可以观察到这一现象,并记录下来。 实验步骤如下: 1️⃣ 准备实验材料,包括试管、胶头滴管等。 2️⃣ 准确称取一定量的蛋白质样品。 3️⃣ 在试管中加入适量的缓冲液和蛋白质样品。 4️⃣ 用胶头滴管滴加酸碱指示剂,并记录溶液的pH值。 5️⃣ 混合均匀后,静置几分钟,观察溶液的变化。 实验结果与分析: 通过观察溶液的变化,我们可以发现,在某个特定的pH值下,蛋白质溶解度最小,最易生成沉淀。这个pH值就是蛋白质的等电点。这个实验不仅让我们了解了蛋白质的溶解特性,还为我们提供了关于蛋白质结构的重要线索。 ᨮ訮 蛋白质的等电点测定对于研究蛋白质的结构和功能具有重要意义。通过调节溶液的pH值,我们可以更好地理解蛋白质的稳定性和相互作用。这个实验为我们打开了一个探索蛋白质世界的新窗口!
蛋白质保存方法大揭秘!你知道多少? 蛋白质的保存方法多种多样,但你知道哪些是关键吗?让我们一起来看看吧! 低温保存法 蛋白质对温度非常敏感,温度越高,它的稳定性就越差。因此,低温保存蛋白质溶液通常是最佳选择。一般来说,蛋白质越纯,它的稳定性就越差。特别是酶溶液,对热非常不稳定(少数酶如核糖酸酶和某些高温细菌产生的耐热性酶除外)。多数酶在35℃到40℃以上就会失活,难以长期保存。在普通冰箱中,通常只能保存一周左右。因此,液态蛋白质样品最好在-5℃到-10℃甚至-20℃以下冰冻保存,有时数月或数年后仍能保留大部分活性。 ⚠️ 冰冻再融解的注意事项 虽然低温能增加蛋白质的稳定性,但并非温度越低越好。例如,羧肽酶、脂蛋白和某些抗体在冰冻再融解后可能会变性破坏。而某些酶在冻融后,活性反而增加,可能是因为酶颗粒结构松散,表面积增大,暴露出更多活性基团的缘故。反复冰冻和融化通常会导致蛋白质变性,应尽量避免。为了防止冻融损伤,冰冻保存要求样品浓度大、体积小、表面积大、含盐低、冻结迅速、-70℃以下保存、用时迅速融化等。 稳定pH下的保存 多数蛋白质在很狭窄的pH范围内才稳定,超出此范围即迅速变性。例如,鲸肌红蛋白在等电点pH6.8附近时稳定,卵类粘蛋白在中、酸性条件下对热稳定。蛋白质稳定存在的pH一般是等电点。因此,酸性、中性和碱性蛋白酶的稳定pH分别为pH2~pH6、pH6~pH9和pH5~pH10.5。但也有例外,如血浆蛋白质的等电点pH4.6,而其稳定pH为6.8,稳定pH与其等电点并不相同。酶的稳定pH也并非是酶反应的最适pH,二者有时可相差1至数个pH单位。所以保存液态蛋白质样品时,应小心调到其稳定pH范围内。 通过这些方法,你可以更好地保存蛋白质样品,避免不必要的损失和浪费。希望这些信息对你有所帮助!
짗 理学小课堂:HE染色法的奥秘 术原理 细胞核染色:苏木精是一种碱性天然染料,它能使细胞核着色。细胞核内的染色质主要由DNA组成,DNA的双螺旋结构中,磷酸基向外,使DNA带负电荷,呈酸性,容易与带正电荷的苏木精结合。苏木精在碱性溶液中呈蓝色,因此细胞核被染成蓝色。 细胞浆染色:细胞浆的主要成分是蛋白质,它是一种两性化合物。细胞浆的染色与pH值有关。当pH调到蛋白质的等电点(4.7-5.0)时,胞浆对外不显电性,此时酸或碱性染料不易染色。当pH调到6.7-6.8时,大于蛋白质的等电点pH值,表现酸性电离,而带负电荷的阴离子,可被带正电荷的染料染色。伊红Y是一种酸性染料,在水中离解成带负电荷的阴离子,与蛋白质的氨基正电荷结合,使细胞浆染色。细胞浆、红细胞、肌肉、结缔组织等被染成红色或粉红色,与蓝色的细胞核形成鲜明对比。 分化作用:染色后,用某些特定的溶液将组织过多结合的染色剂脱去,这个过程称为分化作用,所用的溶液称为分化液。在HE染色中用0.5%盐酸乙醇作为分化液,因酸能破坏苏木精的醌型结构,使组织与色素分离而褪色。经苏木精染色后,必须用0.5%盐酸乙醇分化,使细胞核过多结合的苏木精染料和细胞浆吸附的苏木精染料脱去,再进行伊红染色,才能保证细胞核与细胞浆染色的分明。 返蓝作用:分化之后,苏木精在酸性条件下处于红色离子状态,呈红色,在碱性条件下处于蓝色离子状态,呈蓝色。组织切片经0.5%盐酸乙醇分化后呈红色或粉红色,故分化之后,立即用水除去组织切片上的酸而终止分化,再用弱碱性水(0.2%氨水)使苏木精染上的细胞核呈现蓝色,这个过程称为返蓝作用或蓝化作用。另外用自来水浸洗也可使细胞核返蓝,但所需时间较长。 쥮验步骤 脱蜡至水 苏木素染色 伊红染色 脱水封片 显微镜镜检
ꥰ分子蛋白转膜不再难! 科研小伙伴们,是不是对小分子蛋白的转膜感到头疼呢?别担心,这里有超实用的技巧帮你轻松搞定! 1️⃣ 选对膜材是关键!对于小分子蛋白,0.2 PVDF膜或NC膜可能是更好的选择,因为它们的孔径更小,更易捕捉小分子蛋白。 2️⃣ 精细调整转移条件也很重要。如果条带模糊或看不到,可以适当降低转移电压,延长转移时间,让小分子有足够的时间“搬家”。 3️⃣ ꧼ冲液pH要匹配。蛋白质的等电点与缓冲液pH匹配度影响转移效率。试试pH 8.3-9.0的Tris-Glycine缓冲液或pH 10.5的CAPS缓冲液,更适合小分子蛋白。 4️⃣ 温柔对待膜和凝胶。使用湿式转移避免机械损伤,确保膜与凝胶紧密接触,无气泡干扰。 5️⃣ 检测系统也要灵敏。选择灵敏度高的化学发光检测系统,并适当延长曝光时间,让条带更清晰。 6️⃣ 做好每一步细节把控。从SDS-PAGE到转膜,再到封闭、孵育抗体,每一步都要细心操作,确保实验条件一致。 ꨀ心和细致是关键!先做预实验摸条件,如果第一次不成功,不要灰心,调整参数后再次尝试。希望这些小技巧能帮你攻克小分子蛋白转膜难关!加油!ꀀ
分子发现的两大策略:筛与猜 经典问题:老师,我该如何找到一个分子呢? ᠧ햧夸:筛选 ᠧ햧夺:猜测 𐠦钱就筛,没钱就猜 提出问题 - 收集样本 - 高通量检测 - 候选分子 有钱筛分子的策略: 检测mRNA的叫表达谱芯片 检测miRNA的叫做miRNA芯片 测lncRNA的叫做lncRNA芯片 二代测序(NGS):next generation sequencing 젥䧥䚦𐧔襈𐧚技术是三种:芯片、测序、质谱 芯片检测DNA及RNA是碱基互补配对原理 芯片检测蛋白是抗体-抗原特异性结合原理 젦探针密密麻麻设计在芯片上,对目的标本的DNA或者RNA进行杂交,显示荧光。 芯片还有一个名字(Microarry微阵列),这个就比较形象了。用人肉眼看不清楚的一个微小的反应体系检测。 二代测序(NGS):next generation sequencing = deep sequencing 一代测序(Sanger 测序) ᠥ简单的表达谱分析可以芯片 非编码RNA建议测序 젨ass spectrum) 分子量和等电点是蛋白质分子的特点 蛋白质的身份证:质荷比(离子质量和带电荷比值) 젨累碌奈𗨺뤻𝨯的设备 筛基因、选DNA、RNA还是蛋白质好呢?答案:RNA 因为DNA离蛋白隔了一个环节,并且DNA是遗传水平上变化,大部分疾病的变化都是表观水平,DNA检测不到。蛋白是功能的执行单位,但是蛋白不稳定,有半衰期,不能被及时捕捉到,样品处理也要求太高。所以常规来说从转录水平比较好,上可追溯基因改变,下可跟踪蛋白。PCR引物要比抗体省钱得多,所以实践中mRNA筛选更经济。
蛋白质的理化性质详解 𑊧娯点1: 蛋白质的高级结构 蛋白质具有复杂的高级结构,这些结构使得它们拥有许多独特的理化性质。尽管蛋白质的一级结构是氨基酸,但它们还拥有更多由高级空间结构带来的特性。 知识点2: 蛋白质的胶体性质 蛋白质具有胶体性质,因为它们的直径在1到100nm之间。蛋白质能够吸附水分子,这是因为它们的结构基础是氨基酸,这些氨基酸带有氨基和羧基。氨基可以吸附氢离子,而羧基可以结合氢氧根离子,从而形成水分子,导致蛋白质表面形成水化膜。蛋白质的表面电荷为负电荷,这是因为大多数血浆蛋白的等电点在5.0左右,而血浆pH在7.35到7.45之间,因此pH大于PI时带负电荷。需要注意的是,赖氨酸带正电荷,因为它是一种碱性氨基酸,PI>PH。 知识点3: 蛋白质的变性 变性是指将鸡蛋煮熟的过程,因为煮熟的鸡蛋变成固体,溶解度降低。变性后,蛋白质的粘度增加,这是因为蛋白质分解出许多游离的氨基酸,这些小分子相互摩擦导致黏度升高。结晶能力是生物学活性的一个指标,但煮熟后蛋白质的结晶能力消失,因为它们不再具有活性。吸光值会升高,因为变性过程中释放了许多芳香族氨基酸,吸光度因此增加。 知识点4: 蛋白质的复性 将鸡蛋液加入硫酸后,蛋白质变性形成絮状物。变性的蛋白质可以通过加热变成凝固状态,但凝固的蛋白质不一定发生了变性。加入硫酸的鸡蛋液煮熟后,蛋白质仍然会凝固。变性的蛋白质很容易发生沉淀,因为鸡蛋液加入硫酸后已经有絮状物出现。蛋白质沉淀不一定是由变性导致的,用钠盐中和蛋白质表面的负电荷也会发生沉淀。沉淀的蛋白质不一定发生了凝固性坏死,而凝固的蛋白质一定是沉淀状态的蛋白质。
碱性染料真的是碱性的吗? 你有没有想过,我们高中生物课上见到的那些碱性染料,比如甲紫溶液(也叫龙胆紫溶液)、醋酸洋红溶液,还有改良的苯酚品红溶液,它们真的都是碱性的吗?其实,答案并不简单。 什么是碱性染料? 首先,我们要知道什么是碱性染料。简单来说,染料必须有两个基本条件:一是要有颜色,二是要和被染的组织有亲和力。这种亲和力来自于染料中的发色基团和助色基团。发色基团让染料显示颜色,而助色基团则让染料和被染组织产生亲和力。 酸性还是碱性?𗢀♂️ 那么,碱性染料的界定并不是由染料溶液的pH值决定的,而是由染料中的助色基团在水中电离后所带的电荷决定的。换句话说,碱性染料的pH值不一定大于7。一般来说,电离后助色基团带正电荷(阳离子)的染料就是碱性染料,反之则是酸性染料。 如何工作的?슊例如,龙胆紫、亚甲基蓝、美蓝等碱性染料,它们通常能电离出有色的阳离子。这些阳离子可以和细胞中带负电荷的部分牢固地结合,比如细胞核中的染色质(含有脱氧核糖核酸,属酸性物质),从而被染上颜色。 酸性染料呢? 酸性染料则一般能溶于水和酒精,通常能电离出有色的阴离子。这些阴离子可以和细胞中带正电荷的部分牢固地结合,比如细胞质中某些常带正电荷的物质。 pH的影响 生物染料的染色作用还与溶液pH的变动有关。例如,鸡蛋白含有氨基和羧基,在酸性溶液中,当溶液的pH小于该蛋白质的等电点时,蛋白质带正电荷,易被酸性染料染色;在碱性溶液中,当溶液的pH大于该蛋白质的等电点时,蛋白质带负电荷,容易被碱性染料染色。 总结 所以,碱性染料并不一定都是碱性的,它们的性质是由助色基团在水中电离后所带的电荷决定的。而且,染色效果不仅取决于染料的性质,还和溶液的pH有关。是不是觉得生物学真是个奇妙的世界呢?
生物信息学干货:蛋白理化及多序列比对技巧 蛋白质分子量与等电点预测 不同蛋白质的等电点各异。当缓冲液与等电点一致时,蛋白质会沉淀,影响酶促反应。因此,了解蛋白质的等电点至关重要。BioXM软件可进行此分析。 蛋白N端信号肽分析 信号肽含有疏水区,可能导致重组蛋白形成包涵体。在设计引物前,需先进行信号肽分析,并在信号肽断裂位点后的碱基端设计引物。注意:切除信号肽后要验证读码框是否改变,且质粒载体上带有启动子,无需考虑RNA聚合酶转录问题。 多序列比对 GeneDoc软件支持两种算法(pairwise和multiple)进行多序列比对,具体操作流程见图3。输出结果为aln格式,可用Jalview可视化打开。 𑠃lustalX2多序列比对 将多条序列依次输入text文件,保存为txt格式。ClustalX2支持多种比对格式,完成后得到树文件和aln文件,用Jalview打开aln文件即可。 EGA-X多序列比对及进化树分析 MEGA-X支持多序列比对和进化树分析,完成后输出fasta格式和mega格式文件。构建进化树后,可点击小锤子进行美化。 蠅Spript可视化及二级结构预测 ESpript可用于多序列比对可视化和二级结构预测。将MEGA比对后格式和Swiss model建模文件导入ESpript,即可生成高质量配图。 Motif预测 详细见图示,了解如何进行motif预测。
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